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金宝贝微生物菌肥是根据根际土壤微生态学原理、植物营养生理学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。土壤主要由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础，而农作物根际土壤微生态区系的微生物的活性如何及活性大小，对植物根部营养非常重要，因为土壤中的具有活性的有益微生物直接参与土壤肥力的形成和发育等一系列物理化学过程，如：土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮素的固定等等。但纯自然状态下有益微生物数量不够，作用力也有限。因此，如能采用“人为方式”向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的数量和整体活性，从而明显提高土壤的肥力。在植物根际施用微生物菌肥，就可以大大增加根际土壤中有益菌的数量和活性，促进土壤肥力的增强。这就是施用金宝贝菌肥可以提高土壤肥力的科学原理。其作用具体表现为:
1、产生生物激素刺激作物生长。金宝贝菌肥中的微生物，无论在其发酵过程(所谓“发酵”，实际上可形象地理解为微生物的自身繁殖过程)，还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢(如增强光合作用)，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
2、有益菌能“以正压邪”，减轻病害。金宝贝菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，并能分泌有机酸、抗菌肽等，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效(可以形象地理解为“以正压邪”)。
3、有益菌刺激有机质释放营养。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
4、能松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
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